자가면역(AI) 질병은 면역체계가 몸 속에 일반적으로 존재하는 물질(보통 단백질) 혹은 조직을 ‘자신’으로 인식하지 못하여 발생하고 따라서 이들에 대한 잘못된 면역 반응에 해당한다.

지금까지 80개 이상의 AI 질병이 인식되었다.

AI 질병은 만성적 질병으로 심신을 쇠약하게 하거나 심지어 생명을 위협한다. 서구형 산업화 국가에서 AI 질병은 세번째 주요 사망요인이다. 많은 AI 질병을 다루는 연구에서, 유전적 전제조건이 관찰되었다.

AI 질병은 특정 장기에 제한되었을지도 모르고(예. 제1형 진성당뇨병, 자가면역 갑상선염, 자가면역 부신기능부전증) 혹은 신체의 다양한 곳에 존재하는 조직 혹은 분자와 관련되어 있을 수 있다.

AI 질병에 대한 치료 목표는 증상 통제(예. 제1형 당뇨에 인슐린 투입)와 자가면역 과정 통제(예. 면역통제)이다.

많은 AI 질병들은 자기항체로 특징지어진다. 따라서, 자기항체 결정은 (1) AI 질병 진단, (2) AI 질병 치료의 효과 감시, (3) AI 질병 차도, 재발, 발병 감시 등에 도움이 될 수도 있다.